I den "statsløse" tid efter Ivan den Forfærdeliges død, med den syge og svage Fjodor, begyndte boyarerne en åben kamp om magten. Den stærkeste af dem var den tidligere oprichnik Godunov. Efter Theodors død samlede patriark Job en Zemsky Sobor for at vælge en ny suveræn. Patriarkens råd, Boyar Dumaen og servicefolk og repræsentanter for den kommercielle og industrielle befolkning i Moskva samledes ved denne katedral. De mest sandsynlige kandidater var to personer: zarens svoger Boris Fyodorovich Godunov og fætteren til zar Fjodor, den ældste søn af Nikita Romanovich - Fjodor Nikitich Romanov.
Årene med Boris Godunovs regeringstid kom på et vanskeligt tidspunkt i den russiske stats historie. Dette var perioden fra 1598 til 1605. Faktisk var den fremtidige zar ved magten allerede under Ivan den Forfærdeliges syge søn, Fjodor.
Boris Godunovs regeringstid begyndte tvetydigt. I februar 1598 tilbød Rådet tronen til Boris, men han nægtede. For at han kunne blive enig, blev der organiseret et religiøst optog til Jomfruklosteret, hvor Boris boede sammen med sin søster. Den fremtidige konge blev tvunget til at gå med til at bestige tronen. Således var valget af Godunov populært. Dog på samme tidman mente, at han i al hemmelighed tyede til trusler og bestikkelse for at opnå dette.
Boris blev først gift med kongeriget den 1. september, overbevist om styrken af folkevalget. Boris Godunovs regeringstid i hele dens længde blev kendetegnet ved ekstrem forsigtighed. Han var bange for forsøg på sin magt, eliminerede alle boyarer, der var mistænksomme over for ham. Hans rigtige rival var kun Fedor Nikitich Romanov, som et resultat af hvilket alle Romanovs blev stillet for retten på anklager om sammensværgelse mod suverænen. Bojarerne kunne ikke lide zaren, idet de betragtede ham som efterfølgeren til de Forfærdelige med hans forfølgelse af adelen.
Boris Godunovs regeringstid var en fortsættelse af Fjodors politik, eller rettere, hvad Godunov gjorde under ham. Med alle midler søgte han at genoprette folkets velfærd, krænket i Groznys æra. I udenrigspolitikken søgte han at undgå sammenstød, at afstå fra nye krige. Han bekymrede sig om styrkelsen af retfærdigheden, han ville være en god suveræn for folket. Han gav virkelig mange fordele til almindelige mennesker. Tre år i træk, fra 1601, var der en afgrødesvigt, som førte til massive sultedødsfald. Boris organiserede en gratis uddeling af brød til de sultne fra den kongelige skatkammer, startede store bygninger i hovedstaden for at give folk indkomst.
Boris Godunovs regeringstid var ledsaget af hungersnød, røveri, men dette var ikke hans skyld. Dette bidrog dog til væksten i utilfredsheden med kongen. Hungersnøden blev efterfulgt af endnu en ulykke - en folkeopstand for den selvudråbte tsarevich Dmitry. Under denne kamp, BorisGodunov døde uventet (1605).
Godunov lagde stor vægt på europæisk uddannelse. Kongen kommunikerede med udenlandske specialister inden for teknologi og medicin og tog dem gerne til den offentlige tjeneste. Han sendte unge mennesker til fremmede lande, planlagde at arrangere Moskva-skoler på en fremmed måde. Han dannede en militær afdeling af tyskere efter en udenlandsk model. Under Godunov var Moskva-regeringen tydeligt tiltrukket af tættere kontakter med det oplyste Vesten og assimilering af europæisk viden.
Så Boris Godunovs regeringstid er kort beskrevet af de fleste historikere. Mange tvivler på, hvor lovligt han fik magten, idet de tror, at hans håndværk var mordet på den grusommes yngste søn, Tsarevich Dmitry, i Uglich.
